этот плагин комментариев знает мой аккаунт в фейсбуке
Да; его HTML и JavaScript размещены на серверах Facebook на facebook.com и, следовательно, имеют доступ к вашим файлам cookie Facebook. † (Это не плагин в вашем браузере, но он встроен в веб-сайт, который вы посещаете. Вы не можете удалить его, но вы можете использовать плагин для браузера, чтобы заблокировать его.)
как сайт узнает, что такое мой аккаунт в фейсбуке
Это не так. Только встроенный раздел комментариев на этой веб-странице знает; здравомыслящий браузер (включая Chrome) не позволит веб-сайту, который встраивает этот раздел, получить доступ к любым его деталям.
† Так что да, Facebook знает, какие веб-сайты вы посещаете, для всех сайтов, которые содержат некоторые виджеты Facebook, даже если это всего лишь кнопка «Нравится». Прекратите использовать Facebook, если это вас беспокоит, или хотя бы установите что-то вроде Privacy Badger .