У меня такая же проблема. После короткого поиска я понял, что они изменили имя папки ярлыков с «Microsoft Visual Studio 2013» на просто «Visual Studio 2013».
Для получения дополнительной информации см. Следующее: https://connect.microsoft.com/VisualStudio/feedback/details/802119/missing-vs2013-shortcut-after-install