Команда RENAME не может работать в подкаталогах, поэтому простым решением было бы перейти cd
в каталоги внутри пакетного сценария перед переименованием файлов.
cd x64 RENAME "bin.exe" "bin_x64.exe" cd .. RENAME "x64" "64bit" cd x86 RENAME "bin.exe" "bin_x86.exe" cd .. RENAME "x86" "32bit"