Так как byobu-config исправляет вещи для новых экранных процессов, но не для текущего сеанса, это может быть ошибкой, о которой стоит сообщить.
Посетите https://bugs.launchpad.net/byobu, чтобы сообщить об ошибке или узнать, есть ли кто-то еще.
По желанию вы можете связаться с сопровождающим проекта Дастином Кирклендом: https://launchpad.net/~kirkland
Это не прямое решение вашей проблемы, но должно стать шагом в правильном направлении!