Я работаю как на сервере Ubuntu, так и на сервере FreeBSD без головы. FreeBSD находится здесь, в шкафу, Ubuntu - в помещении для совместной работы.
Разница незначительна, оба достаточно просты для администрирования через ssh, если вы знаете, что делаете. В конце концов, все сводится к тому, с чем вы больше всего знакомы, потому что сможете найти оптимальное сочетание аппаратного и программного обеспечения и администрировать его, что окажет гораздо большее влияние на общую производительность, чем выбор ОС.