Я "исправил" это, хотя для меня это похоже на хак. Я добавил это
<Directory /var/www/bin> Order allow,deny Allow from all </Directory>
... в конфиг vhost. Я бы предположил, что это на самом деле не должно быть необходимым, так как это не фактический запрос клиента, который открывает этот каталог?
Мне также пришлось переназначить моего пользователя и группу git, так как suexec был скомпилирован, чтобы заставить uid / gid> 1000, но установщик gentoo сделал их системными учетными записями, что привело к низкому идентификатору.