Вам не хватает одной строки в вашем .bashrc. Добавлять:
PROMPT_COMMAND="$PROMPT_COMMAND;history -a"
после
shopt -s histappend
PROMPT_COMMAND выполняется перед печатью следующего приглашения (IIRC). Кстати, когда вы пишете историю, вы правы. Измененная команда приглашения очистит историю.