Это случилось со мной пару раз, но, к счастью, я нашел исправление - каким-то образом мой файл folderlist.xml обрезается (очищается), но, к счастью, claws-mail сохраняет резервную копию:
cp .claws-mail/folderlist.xml.bak .claws-mail/folderlist.xml
решает проблему