Файлы Jar очень похожи на zip-архивы, поэтому объединение их в один архив не сэкономит много места. Однако, если вы действительно хотите создать один zip-архив, то одним из самых простых решений было бы выполнить цикл for для всех jar-файлов:
for f in *.jar; do zip archive.zip "$f" done
Если вы хотите использовать gzip, то:
tar -czvf archive.tar.gz *.jar