В настоящее время не существует плагина Mastadon для Pidgin, который был бы указан на https://developer.pidgin.im/wiki/ThirdPartyPlugins#AdditionalProtocols
Цитата о функциональной совместимости относится только к межсерверной федерации, на стороне клиента это совершенно другой протокол. Как уже упоминалось на https://github.com/tootsuite/mastodon/issues/176, основной автор Mastadon выступает против взаимодействия с клиентами