Да. Защитник Windows защищает от рекламного и шпионского ПО, а MSE делает все это и даже больше (защита от вирусов, руткитов и т. Д.).
MSE фактически отключит Защитника Windows для управления защитой вашего ПК в режиме реального времени. Также со страницы Википедии по основам безопасности:
Microsoft Security Essentials (MSE) (ранее назывался Morro) - это бесплатное антивирусное программное обеспечение, созданное Microsoft, которое обеспечивает защиту от вирусов, шпионских программ, руткитов и троянов для Windows XP, Vista и 7.
MSE заменяет Windows Live OneCare - антивирусную службу подписки - и Защитник Windows, который защищает пользователей только от рекламного и шпионского ПО.