Я не знаю ни об Atom, ни о Slime, ни о других вещах, но, вообще говоря, файлы в вашей папке AppData просто хранят пользовательские настройки приложений и обычно будут регенерироваться этими приложениями при следующем запуске.
В некоторых приложениях вы можете перенести настройки в новый профиль, скопировав их папки, но не все. Также будьте осторожны с папками Microsoft и Windows.
Если эти программы фактически установили себя в папку AppData вашего профиля, а не в папку Program Files (вероятно, с программным обеспечением Linux с открытым исходным кодом, портированным на Windows), то вы сможете без проблем просто скопировать их папки. Такие программы обычно просто полагаются на конфигурационные файлы и не используют реестр для сохранения своих настроек. Просто отметьте, что вам может понадобиться изменить путь в ярлыках.