Со страницы руководства bash :
compgen [option] [word] ... If word is specified, only those completions matching word will be displayed.
Вы уже фильтруете список с помощью grep, поэтому, чтобы получить желаемое поведение, вы можете просто пропустить второй аргумент compgen, создав свою строку:
COMPREPLY=($(compgen -W "`git branch | grep $word`"))