Разница заключается в программах, которые не могут работать в режиме совместимости (все программы, включенные в Windows - например, PowerShell). Для этих программ вы можете выбрать его только через кнопку «Дополнительно» на вкладке быстрого доступа.
Кроме того, параметры совместимости применяются к исполняемому файлу самостоятельно. После того, как вы выберете программу для запуска в качестве администратора в режиме совместимости, все экземпляры, независимо от того, какой ярлык вы используете, будут работать как администратор.
Установка его на вкладке ярлыков позволяет лучше контролировать оценку.