Вот команда Powershell, которая хэширует все ваши файлы (в заданном каталоге) и выводит результат в файл CSV.
Get-FileHash -Algorithm MD5 -Path (Get-ChildItem "\\Path\to\files\*.*" -Recurse) | Export-Csv C:\Temp\hashes.csv
После этого вы можете открыть файл CSV в Excel и выкорчевать дубликаты.
Обратите внимание, что командлет Get-FileHash доступен только в Powershell версии 4 или выше.