Попробуйте MediaMonkey . Если вы читаете эту ветку на Lifehacker, это очень рекомендуется. В нем есть скрипты для идентификации дубликатов по метаданным и значениям хеша. Бесплатная версия MediaMonkey делает все, что вам нужно.
Преимущество использования MediaMonkey в том, что вы можете сделать с ним гораздо больше. Вы можете добавлять метаданные к своей музыке, находить и добавлять обложки альбомов (это прекрасно выглядит, когда у вас есть вся подобная библиотека), автоматически переименовывать файлы на основе метаданных. Это невероятно мощное приложение для организации; на мой взгляд, ничто не близко (поверьте, я много чего пробовал).