Вы забыли настроить очередь заданий . Цвет ссылки не обновляется сразу во всех ваших вики, чтобы сэкономить ресурсы.
Добавьте что-то вроде этого в ваш crontab -e:
0 0 * * * /usr/bin/php /var/www/wiki/maintenance/runJobs.php > /var/log/runJobs.log 2>&1
(см. руководство для более).