Я думаю, что самым простым решением будет использовать программное обеспечение для шифрования, такое как TrueCrypt, для создания зашифрованного тома, а затем поместить папку, которую вы хотите защитить, в этот том.
Таким образом, вы сможете работать с вашими файлами в обычном режиме (как только вы смонтируете зашифрованный том), и вы будете знать, что ваши файлы криптографически защищены.