Вы можете найти много подобных вопросов с соответствующими ответами здесь, в SuperUser, чтобы понять, как начать писать сценарий для этого. Поскольку вы не упомянули, какую ОС вы используете, я предоставлю решение Powershell для Windows.
Создайте новые подпапки в каждой папке в setA, затем переберите файлы setA и скопируйте их в соответствующую папку A_files_folder.
Foreach ($dir in Get-ChildItem -Directory -Recurse .\setA) { New-Item -Path $dir.FullName -Name "A_files_folder" -ItemType "Directory"; New-Item -Path $dir.FullName -Name "B_files_folder" -ItemType "Directory"; } Foreach ($file in Get-ChildItem -File -Recurse .\setA) { Copy-Item -Path $file.FullName -Destination $($file.DirectoryName + "\A_files_folder\") } При работе со второй частью задания нам нужно создать путь назначения, используя части исходного пути к файлу, но он почти такой же, как и в предыдущей Copy-Itemкоманде. Я бы использовал это:
Foreach ($file in Get-ChildItem -File -Recurse .\setB) { Move-Item -Path $file.FullName -Destination $(".\setA\" + $($file.DirectoryName.Split("\")[-1]) + "\B_files_folder\") }