Здесь может быть много проблем:
Во-первых, это старая, старая версия - есть ли шанс, что вы сможете обновить ее по крайней мере до 1.5 или даже лучше, чтобы 2.1 RC получил шанс?
Во-вторых, так как это Java-приложение - какую виртуальную машину оно использует? По моему опыту, SQL Developer - одно из самых требовательных java-приложений, которые я использовал о том, на какой виртуальной машине она работает или с какими проблемами. Я бы порекомендовал взять одну из их сборок, которая включает в себя виртуальную машину, чтобы посмотреть, исчезнет ли проблема.
В-третьих, вы вставляете богатый текст случайно? Попробуйте вставить из Блокнота или что-то подобное, чтобы убедиться, что это просто текст в буфере обмена. Я видел, как многие приложения пытаются конвертировать между RTF / HTML и тем, что они используют изначально, и зависают, пытаясь обработать информацию в буфере обмена.