Скорее всего, ваша проблема не связана с ConEmu или cmder.
Убедитесь, что ваши инструменты (ls.exe) используются из того же места, что и bash.exe. Проверьте переменную PATH.
Также это может быть связано с переменной TERM.
В любом случае, вы увидите то же поведение, если запустите bash.exe из Win + R.