Единственное решение, которое я нашел, это установить настольную версию OneNote (ту, которая поставляется с Office 2016).
В этой версии можно изменить это поведение в дополнительных свойствах (Advanced -> Pen) и снять флажок «Автоматически переключаться между рисованием, выбором, ...»