Это невозможно ответить правильно, так как это сильно зависит от вашего оборудования и от того, как он подключен.
Если другой диск или раздел находится на том же физическом диске, не должно быть никакой разницы в производительности.
Если он находится на другом физическом диске, но все еще на том же контроллере / соединении (используя IDE), то производительность действительно может быть хуже.
Если он подключен ко второму контроллеру / соединению (независимо от того, используется ли IDE или SATA), то это на самом деле должно повысить вашу производительность (учитывая, что новый накопитель, по крайней мере, так же быстр, как и исходный).