Paint.NET построен на основе .NET Framework, и я думаю, что он выполняет над ним операцию 'ngen' как часть процесса установки или, возможно, при первом использовании, я не уверен.
ngen компилирует код в нативный код из кода MSIL, используемого приложениями .Net. Это исключит любые JIT-операции во время выполнения приложения и, как таковое, может повысить производительность.