Проверьте создание файла .Xdefaults в вашем домашнем каталоге.
Вот хорошее руководство по синтаксису .Xdefaults: http://wiki.archlinux.org/index.php/Xdefaults#Xdefaults_syntax
Фрагмент моего собственного .Xdefaults:
Xterm фон: пшеницы
Xterm переднего плана: черный
Xterm scrollBar_right: истинная
Xterm scrollTtyKeypress истинная
Xterm colorBD: 1
XTerm шрифта: Courier
XTerm saveLines: 10000
Xterm геометрия: 120x50