Вы ошибочно сослались на FILETYPE, а не FIELDTYPE. Немного подправил:
#!/bin/bash HOST=$1 DATABASE=$2 COLLECTION=$3 FIELDFILE=$4 FIELDTYPE=$5 FILE=$6 if [[ -z "$6" ]] ; then echo "Usage: ..." 1>&2 exit 1 fi mongoimport -h "$HOST" -d "$DATABASE" -c "$COLLECTION" --fieldFile "$FIELDFILE" --type "$FIELDTYPE" --file "$FILE"