Должно быть безопасно использовать клавиатуру и мышь, которые ранее использовались на компьютере с вредоносным кодом.
В этом ответе на аналогичный вопрос на сайте Security SE отмечается, что некоторые клавиатуры содержат обновляемые прошивки, которые могут представлять угрозу:
... на некоторых клавиатурах имеются обновляемые прошивки, поэтому некоторые вредоносные программы на компьютере могут отправлять вредоносные обновления на клавиатуру, постоянно загрязняя ее.
Однако в ответе говорится (и я бы все-таки согласился здесь в 2018 году), что вероятность этого низкая.
Тот же риск будет относиться к мыши, хотя еще меньше мышей поддерживают прошивку, чем клавиатуры.
К счастью, я использовал те же пять клавиатур / мышей для ремонта сотен компьютеров за многие годы, в том числе с вредоносными вредоносными программами, и у меня никогда не было причин подозревать, что я работаю с кодом, способным передавать данные через эти периферийные устройства.