У меня была похожая проблема. Чтобы воссоздать ваш initrd с помощью mkinitrd, вам нужно смонтировать / proc и / dev в вашу среду chroot. Я бесстыдно украл это из справочника Gentoo:
mount -t proc none /mnt/gentoo/proc mount -o bind /dev /mnt/gentoo/dev
Замените / mnt / gentoo тем, что имеет смысл для вас, конечно. Как только я установил / proc и / dev, initrd работал просто отлично.