У меня та же проблема, но у меня есть одна учетная запись с чешской версией qwerty, а другая - с чешской версией qwertz.
Единственное решение, которое я нашел, - это переключиться на экран входа в систему (WIN + L), а затем снова войти в свою учетную запись. После этого раскладка клавиатуры установлена правильно. Был рабочий ярлык CTRL + SHIFT, который менял раскладки клавиатуры, даже если у вас есть только один в вашем аккаунте (и другой в другом). Но это не работает для меня сейчас после некоторых обновлений Windows.