В последних версиях, например, MSYS2, вы можете использовать:
~$ cygpath -w / C:\path\to\root
или со смешанным стилем пути:
~$ cygpath -m / C:/path/to/root
Точно так же вы можете использовать:
~$ cygpath -w ~ C:\path\to\home ~$ cygpath -m ~ C:/path/to/home