Из ответа о том, как выполнить скрипт на Python, я взял:
Options +ExecCGI AddHandler cgi-script .py
Это и быстрый переход к документации Apache (чтобы узнать обратное из AddHandler), заставляет меня предложить:
Options -ExecCGI RemoveHandler .py
Дайте мне знать, если это работает для вас!