Права доступа к файлам ориентированы на ОС, поэтому разрешения, установленные одной ОС, могут игнорироваться и / или переопределяться другими ОС.
Таким образом, чтобы прямо ответить на ваш вопрос - если не использовать полное шифрование диска, вы не можете его остановить.
Предоставление вам пошагового руководства по реализации шифрования диска выходит за рамки формата вопросов и ответов SU. Посмотрите в Bitlocker и так.