Предположение о s3cmd
невозможности прочитать его файл конфигурации было правильным. По какой-то неизвестной мне причине, во время изменения уровня запуска (0), когда init
выполняются сценарии инициализации, очевидно, что root
пользователь, который выполняет эти сценарии, не считается «настоящим» пользователем, поэтому у него нет «домашнего» каталога из где s3cmd
пытается прочитать конфиг.
Явное указание местоположения файла конфигурации с помощью --config=...
решает эту проблему.