Стандартный протокол SSH / SFTP не использует сертификаты. Только простая пара ключей.
В OpenSSH есть собственная реализация, которая позволяет использовать сертификаты:
https://cvsweb.openbsd.org/cgi-bin/cvsweb/src/usr.bin/ssh/PROTOCOL.certkeys?annotate=HEAD.
Но это реализуется только набором инструментов OpenSSH (и клиент, и сервер).
WinSCP, FileZilla или PuTTY (и другие) не поддерживают этот проприетарный метод аутентификации.
Но ваш сервер, похоже, не является OpenSSH. Таким образом, информация о том, что у вас есть сертификат, может быть неверной.