Хорошо, так что я нашел ответ самостоятельно. файл, расположенный в
/usr/local/rvm/gems/ruby-1.9.3-p194/gems/railties-3.2.7/lib/rails/generators/rails/app/templates/Gemfile
На самом деле файл, который вам нужно изменить. В вашем выходном файле нет ничего другого, только некоторые из них. Если вы добавите к нему что-нибудь, оно появится в вашем Gemfile.