Во FreeBSD есть класс процесса IDLE - см. Справочную страницу rtprio (1), так что вы можете назначить приоритет IDLE для rsync, чтобы он не получал временные интервалы, когда нормальные процессы активны.
У Linux есть ionice (1) для планировщика CFQ io: http://linux.die.net/man/1/ionice Очень похожая концепция, но для ввода / вывода.