Перейдите в настройки TortoiseGit на страницу «Значок наложений». Там вы можете указать, какой тип путей следует сканировать в целом, или ограничить сканирование введенными путями.
См. Https://tortoisegit.org/docs/tortoisegit/tgit-dug-settings.html#tgit-dug-settings-overlay