Я полагаю, вы открыли контекстное меню на рабочем столе и выбрали «Создать репозиторий git здесь ...».
TortoiseGit делает текущую папку рабочим деревом, тогда как TortoiseSVN создает новую папку и помещает новый репозиторий в эту папку. Поэтому сначала создайте пустую папку, а затем создайте там хранилище.
Вы можете исправить это, удалив .git
каталог git (может быть скрыт).