Используйте dos2unix <file>
if в командной строке. Он исправит необходимые окончания строки или ничего не сделает, если ничего не нужно. Сделайте, find . -name "*.cpp" -exec dos2unix {} +
чтобы сделать несколько файлов. Затем сравните с git diff
перед фиксацией.
Лучше всего избегать использования в файлах окончаний со смешанными строками. Это может сделать слияние и последующую историю неловкими.
Некоторые редакторы не меняют стиль, но я думаю, что если хотя бы один ^ M попадет в файл, некоторые редакторы примут стиль dos и изменят все окончания строк при написании файла.
Обычно можно найти настройки для редакторов, которые позволят редактору придерживаться желаемого стиля. Конец строки и настройки табуляции также обычно устанавливаются в зависимости от стиля.