Это известная проблема. Вы должны запустить удаление временных файлов 2 раза (с низким и средним IL), чтобы удалить все данные. Когда вы запускаете его обычным способом, очистка выполняется с Medium IL, поэтому временные данные с низким IL не удаляются.
Чтобы очистить все файлы, загрузите этот инструмент:
http://www.wintecnico.com/ficheros/CleanIETempFiles.zip
распакуйте его и запустите так:
CleanIETempFiles.exe -t
Это очищает все файлы.