Когда я сталкиваюсь с такими проблемами (поврежден или удален BCD), я использую флэш-накопитель USB для загрузки в Windows PE или иногда в Windows To Go со своего портативного жесткого диска. В этой среде я монтирую как системный раздел, так и загрузочный раздел, открываю командную строку и запускаю:
bcdboot D:\Windows -s E:
Где D и E - системный и загрузочный (активный раздел на MBR или ESP на GPT) соответственно.
Обычно это все, что я делаю, и когда я перезагружаю систему, установленную при D:
загрузке, как обычно.