pdfcrop должен иметь возможность делать то, что вы хотите. Согласно справочной странице:
pdfcrop - это утилита для расчета и удаления пустых полей с каждой страницы входного PDF-файла. Полученный выходной файл занимает минимальный размер бумаги, необходимый для содержимого, и поэтому подходит для включения в качестве графического