Если у вас есть вирус, отформатируйте машину полностью. Если изображение, из которого вы восстанавливаете, не содержит вируса, можно продолжить.
Если другой жесткий диск может быть заражен, вам нужно сделать то же самое - разорвать его и восстановить из резервных копий.
Если вирус находится в сети, вы все равно делаете то же самое. Отключите сеть, обнулите все и перезапустите с резервными копиями.