Приложение не считается просто файлом. Все его составляющие учтены. Приложение может иметь панель запуска, основной файл .exe и несколько других вторичных файлов .exe. Приложения часто используют общие компоненты или специальные библиотеки времени выполнения. Блокировка приложения должна учитывать все это, если инструмент блокировки хорош. В случае MWB подкомпоненты приложения будут исключены, даже если какой-либо из них попытается подключиться к Интернету, а не сам основной .exe.
Исключение файла .exe делает именно это, не считая ничего другого. Если этот .exe использует субмодуль, чтобы сделать что-то, субмодуль не будет исключен.