Вы не можете зашифровать системные файлы Windows с помощью EFS. Ключ шифрования привязан к вашей учетной записи пользователя и разблокируется только после загрузки и входа в систему - но как бы вы разблокировали его для загрузки ОС, если операционную систему необходимо сначала расшифровать?
Если вам нужно полное шифрование диска, используйте вместо этого BitLocker. (Требование TPM может быть отключено.) Также можно посмотреть, поддерживает ли VeraCrypt шифрование диска ОС для вашей версии.