Хотя все пробовал под солнцем, я точно не знаю, что это исправило. Это сейчас исправлено, но на каком этапе я не знаю.
Как писал в комментариях выше, я попытался загружая эту программу рекомендованной по ṧнʊß, но это не сработало. Это был простой скрипт AutoHotKey.
Я удалил его, так как он никогда не работал. После того, как я удалил его, Winamp остался на вершине. По неизвестным причинам это просто сработало!
Я называю это ошибкой в Winamp. Даже после перезагрузки он остается поверх моих программ, и я могу вернуться к своему интерфейсу Aero :)