Скорее всего, есть какой-то процесс, плохо реагирующий на процесс завершения работы (отменяющий завершение работы при получении уведомления об этом).
Лучшее, что вы можете сделать, - это уничтожить процесс вручную из Process Explorer и попытаться выйти из системы после каждого уничтожения. Как только выход из системы завершится успешно, вы знаете, что последний процесс, который вы ранее убили, был причиной проблемы.