По умолчанию WinSCP передает файлы размером более 100 КБ во временный файл, переименовывая их в целевое имя только после завершения передачи.
Это имеет некоторые преимущества. Но и недостаток, с которым вы сталкиваетесь, - потеря оригинального файла.
Вы можете отключить поведение в настройках WinSCP .