ZFS использует дедупликацию на уровне блоков, а не на уровне файлов, поэтому инструмент должен будет сканировать каждый файл, создавать базу данных хэшей блоков, а затем сравнивать их для обнаружения дублирующих блоков. Я не знаю ничего, что может сделать это.
Я думаю, что самый простой способ (если не ваш единственный способ) будет проверить это. Не забудьте включить дедупликацию перед началом копирования файлов, обнаружение дедупликации выполняется только при записи в файл.