Unix, Windows и Mac системы имеют свои собственные символы новой строки . При передаче файлов в формате ASCII большинство клиентов FTP преобразуют эти новые строки, если это применимо. Итак: можно настроить Filezilla для обработки текстовых файлов как ASCII.
Однако, похоже, что новые строки в файлах на сервере не соответствуют операционной системе этого сервера. Следовательно, при использовании автоматического преобразования все портится. Итак, как предложил @Manni: вам нужно убедиться, что все файлы обрабатываются как «двоичные», а не как ASCII.
(Обратите внимание, что многие другие файлы, такие как программные файлы, документы Word, музыка и изображения всегда должны передаваться как «двоичные», чтобы не выполнять автоматическое преобразование.)